Основной функцией Центра является развитие и поддержка функционирования отраслевой инновационной инфраструктуры, которая способствует введению создаваемых в организациях и предприятиях результатов научно-технической деятельности (РНТД) в хозяйственный оборот и их продвижение на внутреннем и внешнем рынках. Особое внимание Центр уделяет вопросам «трансфера» ядерных технологий в другие отрасли народного хозяйства, управлению инновационными проектами и правами Российской Федерации на объекты интеллектуальной собственности.