В мире Наруто незаметно пролетели два года. Бывшие новички пополнили ряды опытных синоби в ранге тюнин и дзёнин. Главные герои не сидели на месте — каждый стал учеником одного из легендарных Саннин — трех великих ниндзя Конохи. Парень в оранжевом продолжил обучение у мудрого, но эксцентричного Дзирайи, постепенно восходя на новую ступень боевого мастерства. Сакура выдвинулась в помощницы и доверенные лица целительницы Цунадэ — нового вождя Деревни Листвы. Ну а Саскэ, чья гордыня привела к изгнанию из Конохи, вступил во временный союз со зловещим Оротимару, причем каждый считает, что лишь использует другого до поры до времени.
В 2029 году, в разгар войны между людьми и роботами, машины-убийцы с помощью суперкомпьютера «Скайнет» отправили в прошлое, в 1984 год, киборга-терминатора, который должен был убить женщину по имени Сара Коннор, чтобы не появился на свет ее сын, возглавивший в будущем восстание против роботов. Вслед за киборгом в 1984 год отправился и Кайл Рис, задача которого — остановить терминатора любой ценой!