В визуальном редакторе FCKeditor файловый менеджер имеет ряд недостатков, которые мешают полноценно работать с этим замечательным (по моему мнению) редактором.
Существует расширенный файловый менеджер CKFinder, но он платный, и лицензия для 1 сайта на момент написания статьи стоит 59$... Многовато, лучше доделать то что есть до ума.
Так что потратив пару дней на разбор того как работает встроенный файловый менеджер я переделал все части, которые меня не устраивали.